暮光与朋友们继续应对友谊挑战，并遭遇新反派——混沌之灵无序。她们通过合作将其石化。季终集揭露了主角们的“可爱标志”与谐律精华的深层联系，同时引入反派虫茧女王的伏笔。

宇宙公主的妹妹月亮公主戏份增加。新地图“水晶帝国”重现，反派黑晶王试图夺权。主角团协助韵律公主守护帝国，暮光最终完成任务并进化成“天角兽”，成为友谊公主。

主角们发现谐律精华的起源——谐律之树，并从树中取得新力量。反派无序短暂洗白协助对抗黑晶王残余势力。季终暮光获得水晶城堡，标志友谊使命的正式化。

主角暮光闪闪被宇宙公主派往小马谷学习友谊。她与五位新朋友（云宝黛西、苹果嘉儿、珍奇、柔柔、碧琪）共同对抗梦魇之月，并发现她们各自代表一种“和谐元素”。本季以单元剧形式展开，每集探讨友谊的不同课题，如诚实、慷慨、忠诚等

故事叙述一只叫暮光闪闪(Twilight Sparkle)的小马为了执行导师塞拉斯提娅公主（Princess Celestia）给她的任务，与助手斯穗龙（Spike）一起来到小马镇学习有关友谊的魔法的知识，其中她认识了苹果杰克（Applejack）、瑞瑞（Rarity）、小蝶（Fluttershy）、云宝黛西（Rainbow Dash）与碧琪（Pinkie Pie）五位好朋友，每只小马都代表着友谊的每个元素，并在和谐水晶（Elements of Harmony）中，各扮演重要的关键元素。此后，暮光闪闪(Twilight Sparkle)便与她认识的新朋友们开始了有趣的日常生活，在第四季时暮光闪闪（Twilight Sparkle）和她的五个朋友在第四集以及之后开始写日记。

友谊任务拓展至国际，探索不同地区的文化矛盾（如狮鹫的贪婪、斑马的偏见）。暮光尝试建立“友谊学校”，为后续季铺垫。本季以单元剧为主，深入挖掘配角背景故事。

小马国与其他种族（幻形灵、狮鹫、牦牛等）的冲突成为主线。虫茧女王试图通过寄生控制小马国，最终被进化后的幻形灵王子“邪茧”击败。星光熠熠的救赎之路继续展开。